本ゲームでは、タイトル画面やメニューの｢コンフィグ（CONFIG）｣内｢キーコンフィグ｣で、ボタンに割り当てる操作を変更することができます。このオンラインマニュアルでは、初期設定の操作割り当てで説明を行います。

本ゲームはタッチ操作には対応していません。

Lスティック、方向ボタン	キャラクターの移動
Aボタン	話す
Bボタン	（押し続けている間）ダッシュ
Yボタン	メニュー画面の表示
Ｘボタン＋ZRボタン	クイックセーブ
＋ボタン	ポーズのON／OFF
Rスティックボタン	マップ倍速の切り替え

Lスティック、方向ボタン	（左右）コマンドウィンドウの切り替え、（上下）コマンドの選択、コマンドを使う対象の選択
Aボタン	決定
Bボタン	キャンセル
Xボタン	（バトル開始前）選択キャラクターの立ち位置変更、チーム情報の表示
Yボタン	（押し続けている間）画面情報の表示OFF
Rボタン	防御コマンドにカーソルを移動
ZRボタン／ZLボタン	視点変更
Lボタン	（バトル開始前）退却、退却コマンドにカーソルを移動 ｢追加要素あり｣のとき可能な操作です。
＋ボタン	ポーズのON／OFF
Rスティックボタン	バトル倍速の切り替え

Lスティック、方向ボタン	カーソルの移動、（左右）キャラクターや数字などの切り替え、（上下）文章などのスクロール
Aボタン	決定
Bボタン	キャンセル
Yボタン	（メニュー画面で）フィールドにもどる
Xボタン	（メニュー画面で）メニュー一覧の表示ON／OFF切り替え
Rボタン／Lボタン	ページなどを進める／もどる

Lボタン、Rボタン、＋ボタン、−ボタンを同時に押すと、ソフトリセットしてタイトル画面にもどります。