本ゲームでは、タイトルメニューやメニューの「コンフィグ」内「操作設定」で、ボタンに割り当てる操作を変更することができます。このオンラインマニュアルでは、初期設定の操作割り当てで説明します。
フィールドの操作
| 方向キー、左スティック | 移動 |
|---|---|
| Dボタン | アクション（話す、調べるなど） |
| Sボタン | （移動中押し続けて）ダッシュ |
| Fボタン | メニューの表示 |
| Aボタン | クイックセーブ |
| オプションボタン | ポーズ |
| タッチパッドボタン | DIG！DIG！ディガーの表示 |
| 右スティック（Nボタン） | （押す）倍速ON/OFF |
バトル中の操作
| 方向キー、左スティック | （左右）武器切り替え、（上下）コマンドの選択 |
|---|---|
| Dボタン、Qボタン | 決定 |
| Sボタン | キャンセル |
| Fボタン | ステータスの表示 |
| Aボタン | 状態表示ON/OFF |
| Eボタン | 「身を守る」のショートカット |
| オプションボタン | ポーズ |
| 右スティック（Nボタン） | （押す）倍速ON/OFF |
その他の操作
以下はメニュー画面などの基本的な操作です。各画面固有の操作については、画面下部などの操作ヘルプを参考にしてください。
| 方向キー、左スティック | カーソルの移動 |
|---|---|
| Dボタン | 決定 |
| Sボタン | キャンセル |
| Fボタン | （会話中）メッセージログの表示 |
| Qボタン／Eボタン | ページ切り替え |
| Wボタン／Rボタン | ページ送り |
| タッチパッドボタン | ヒントの表示 |
Qボタン、Eボタン、オプションボタンを同時に押すと、ソフトリセットしてタイトル画面にもどります。
以降のページでは、Dボタンを「決定ボタン」、Sボタンを「キャンセルボタン」と表記して説明します。