西暦2095年――<br>国立魔法大学付属第一高校に転入を許された<br>“零乃”の姓を持つ主人公(プレイヤー)とその妹“まやか”。<br><br>過去、秘密裏に魔法技術研究を続けていた零乃を含む“零家”は、<br>稀有な系統外魔法“術師増幅(マギカ・ブースター)”を会得するが、<br>禁忌に触れた研究を行ったことで歴史から抹消されてしまう。<br><br>主人公は過去の零家の失墜を乗り越え、<br>術師増幅の有用性を検証するため第一高校に転入し、<br>達也や深雪たちと行動を共にすることになる。<br><br>しかし、第一高校では零乃兄妹が持つ特異な能力を狙って<br>様々な陰謀が画策されていた……