ソラたちの旅を記したジミニーメモの1冊目が突然白紙になり、代わりに意味ありげな文章が浮かび上がった。王様はそのメッセージの謎を解明すべく、ジミニーメモをデータ化して分析に取りかかる。しかし、メモの内部を再現したデータ世界には、原因不明の異変が起きていた。異変を取り除く指名を託されたデータ・ソラは、データ世界の冒険を通じて、ソラの内側に眠る“痛み”と向き合うことになる。