小さな世界、デスティニーアイランドに住む少年ソラは、
幼なじみのリク、カイリと共に外の世界へ出ることを夢見ていた。
そんなある日、デスティニーアイランドは嵐に襲われ、闇にのみ込まれてしまう。
リクとカイリと離ればなれになってしまったソラは、突如として現れた鍵型の剣“キーブレード”を手にすることとなる。
ソラは初めて訪れた外の世界で、王様(ミッキー)の行方を捜すドナルド、グーフィーと出会う。
彼らは王様が残した手紙にあった「“鍵”を持つ者に同行せよ」という言葉に従い、ソラと行動を共にすることを決意する。
ソラもリクとカイリを捜すために、彼らと共に旅立つのだった。
王様は世界各地で起きている異変を調査していた。
世界の心の鍵穴が開いてしまい、心の闇が具現化した存在“ハートレス”の侵攻に脅かされているのだ。
ソラは闇の侵攻を防ぐため、キーブレードで鍵穴を閉じていく。
その一方でリクは闇の探求者アンセムに身体を乗っ取られていた。
アンセムとの戦いの後、ソラは自分の心の中に眠っていたカイリの心を解放したことで、一時的に“ハートレス”になってしまうが、カイリの心の光がソラを復活させた。
世界の心を集めた大いなる心“キングダムハーツ”─―
そこへ通じる扉を閉じるには光と闇の両側から二つの鍵で閉じなければならない。
ソラは光側、王様は闇側でキーブレードを掲げる。闇側には扉を閉じるリクの姿もあった。
そしてキングダムハーツの扉は封印され、王様とリクは闇の世界に取り残されることとなった。
ソラ、ドナルド、グーフィーは大切な人を捜す旅をつづける。
王様とリクを捜す旅をつづけていたソラたちは、黒いコートの人物に導かれ”忘却の城”に辿り着く。
城の中では黒いコートの人物たち”機関”が次々とソラの前に立ちはだかり、ソラを翻弄する。
その正体は、心を奪われた肉体と魂からなる存在しない者“ノーバディ“を束ねる組織だった。
ソラは機関と戦いつつ城の中を進むが、進むほどに記憶が消えていくことに気づく。
それは、城の中で出会った少女、記憶を操ることのできるナミネの力によるものだった。
機関はナミネを利用してソラの記憶を操作し、キーブレードの力を手に入れようとしていた。
しかしナミネはソラに真実を明かす。彼女はカイリが心を奪われた時に生まれたノーバディだったのだ。
そして記憶がバラバラになったソラに問う。
この城の記憶を失って元の記憶を戻すか、今のままの記憶でいるか─―
ソラは前者を選び、記憶を元に戻す眠りにつく。
忘れるはずのナミネとの再会を誓って。
一方、光と闇のはざまの世界で眠っていたリクは、謎の声に導かれて忘却の城を訪れる。
リクを導いたのはアンセムだった。リクは自身の心の中にある闇の存在、アンセムと戦いながら城を進んでいく。
機関はリクの心にある闇を利用しようとしていた。
機関との戦いで窮地に陥り、闇の力を使ったリクは闇に堕ちたが、それを救ったのは王様だった。
王様と共に忘却の城をあとにしたリクは、光と闇の狭間である夜明けの道を選んで進む決意をする。
ソラのノーバディであるロクサスは、生まれてすぐには記憶も意思もない無の状態だった。
機関はキーブレードを使えるロクサスを13番目のメンバーとして迎え、キングダムハーツの完成のため、心の回収を命じる。
ロクサスは機関メンバーのアクセル、14番目のメンバー、シオンと任務を通じて互いに親交を深めていく。
しかし、自分の正体の真相を知ったシオンは、機関を脱走する。
ロクサスはシオンに帰る様に説得するが、シオンはロクサスにキーブレードを向ける。
そして、そこに現れたアクセルが力ずくでシオンを連れていってしまう。
ロクサスがシオンの正体を知った時、ロクサスもまた、自身の存在に疑問を抱くようになる。
自分にそのことを隠していたアクセルと機関への不信から、ロクサスは機関を抜け出す。
あてもなくさまよっていたロクサスは、時計塔でシオンと再会する。
シオンはソラの能力を吸収するために、ソラの記憶から作られた人形だった。
そのソラのノーバティであるロクサスを吸収することで、シオンは完全な存在となる。
シオンは自分の宿命を果たすため、ロクサスに戦いを挑むも敗れてしまい、シオンはソラのもとへと帰っていった。
シオンの最後の願い、ゼムナスが心を回収して完成させようとしていたキングダムハーツを解放するため、ロクサスは機関の城へと向かう。
ロクサスがゼムナスに倒されては、眠っているソラが目を覚まさない。
リクは闇の力を解放しロクサスを捕らえる。
トワイライトタウンに住む少年、ロクサスは不思議な夢を見て目を覚ます。
彼の夏休みはあと7日間――
トワイライトタウンに住む少年、ロクサスは不思議な夢を見て目を覚ます。
自分の存在に疑問を持ち始めながらも、ロクサスは夏休みの残りの7日間をいつもの仲間たちと過ごしていた。
その頃、ロクサスのまわりでは不思議な出来事が起こりはじめる。白い化け物に襲われた時、とっさに鍵型の剣”キーブレード”を手にしていた。
そして、夏休みが残り1日となった日、ロクサスはポッドで眠るソラと出会い、自分はソラが心を分離された時に生まれたソラの一部だと知る。
彼の夏休みは終わった─―
ロクサスが消えたことで記憶の回復を終えたソラが目覚め、王様に導かれて不思議な塔に到着する。
塔の主であるイェン・シッドは、ソラに戦うべき新たな脅威”ノーバディ”と“XIII機関”の存在について明かす。
そしてソラ達は新たな冒険へと旅立った。
ソラたちが眠っていた1年の間、ハートレスの脅威は治まっておらず、新たな勢力のノーバティとそれを束ねる“XIII機関”の存在にソラたちは苦戦を強いられていた。
彼らを追ううちに王様から、以前戦ったアンセムは偽物で、本物の賢者アンセムがいたことを知らされる。
ついに姿を現すXIII機関のリーダー、ゼムナス。
その正体は賢者アンセムのかつての弟子、ゼアノートのノーバディだった。
賢者アンセムは、自身の弟子の裏切りへの憎悪により、ディズという人物となって復讐を計画。
その手段を選ばぬ方法に、ロクサスをはじめ多くの犠牲があった。
改心したディズはせめてもの罪滅ぼしにと、XIII機関が作りだそうとしていた”人の心のキングダムハーツ”を破壊するが、その爆発で行方がわからなくなってしまう。
ゼムナスを倒し、ナミネはカイリに、ロクサスはソラに、それぞれのノーバティが本体に戻った。
闇の世界に閉じ込められてしまったソラとリクだったが、カイリとの心の絆が光への扉を出現させる。
デスティニーアイランドに帰ったソラとリク、カイリの元に届いた手紙は、新たな冒険のはじまりを予感させるものだった。
ソラがキーブレードを手にするおよそ10年前、テラ、アクア、ヴェントゥスの3人は旅立ちの地と呼ばれる、代々正当なキーブレードマスターが守護する世界で、マスター・エラクゥスのもとキーブレードマスターになるための修行をしていた。
そして開催されたマスター承認試験はアクアだけが承認される結果となった。
時を同じくして、世界各地に負の感情から生まれた”アンヴァース”と呼ばれる魔物が現れたことが知らされる。
テラはアンヴァース討伐と連絡の途絶えたマスター・ゼアノートの捜索に旅立ち、ヴェントゥスはそれを追って飛び出してしまう。
アクアは師匠のマスター・エラクゥスから、テラの監視とヴェントゥスを連れ戻す密命を受ける。
テラは旅の中で、光と闇の均衡を説くマスター・ゼアノートの教えに傾倒していくこととなる。
運命に導かれるようにしてデスティニーアイランドに降り立つテラ。
そこで出会った少年、リクの心に自分を重ね、テラはリクにキーブレード継承の儀を行う。
遅れてこの地を訪れたアクアは、テラがリクにキーブレードが継承されていることを感じとり、いっしょにいた少年、ソラに自分を重ね、リクに何かあっても彼を助けるように言う。
災いをもたらすと言われる“Χブレード”のことを知ったヴェントゥスは、マスター・エラクゥスに封印されそうになるが、
駆けつけたテラに救われ、デスティニーアイランドに飛ばされる。
そこに現れたヴァニタスは自分と融合してΧブレードになるよう迫るが、ヴェントゥスはこれを拒否する。
そしてヴァニタスが自身の心から取り出された闇から生まれた存在であることを知る。
テラ、アクア、ヴェントゥスの3人の前に、マスター・ゼアノートとヴァニタスが現れる。
激しい戦いの末、テラはマスター・ゼアノートに身体を乗っ取られてしまう。
ヴェントゥスはΧブレードの完成を阻止すべく、ヴァニタスと共に消滅の道を選ぶが、その体はミッキーによって救われる。
目覚めないヴェントゥスと行方不明になったテラを助けるため、アクアは再び旅立つ。
アクアは師の教えに従って旅立ちの地を封印し、いずれ忘却の城と呼ばれるその一室に眠ったままのヴェントゥスを休ませる。
ヴェントゥスの心は消えそうになりながらもソラの心の中で眠りにつく。
アクアはテラの身体を乗っ取ったゼアノートと対峙し、闇に堕ちていくテラを、身をていして光の世界へ帰還させる。それから約10年、闇の世界をさまよっていたアクアは謎の人物と出会う。
その人物は闇に飲み込まれそうになった世界を救った少年のことを話す。
アクアは希望に満ちた表情でその少年、ソラの名を呼ぶ。
ソラの旅に同行していた旅の記録係であるジミニー・クリケット。
忘却の城でソラたちの記憶が消えた際に、彼が記録していたジミニーメモは白紙になってしまった。
しかしある日「彼らの痛みをいやしに戻らなければならない」というメッセージが現れた。
王様はメッセージの意味を探ろうとするが、ジミニーメモを再現した世界は、バグに侵されてしまっていた。
データ世界のデスティニーアイランドを冒険していたデータ・ソラは、黒いコートを着た人物から、痛みをいやすには鍵穴を出現させなければならないことを教えられる。
ソラがトラヴァースタウンの鍵穴を出現させて次の世界へ向かう一方で、ディズニーキャッスルではメモに新たなメッセージが現れていた。
同時に城内にもハートレスが現れ、異変を感じた王様は、自分たちが室内に閉じ込められたことを知る。
ソラが黒いコートの人物を追って辿りついた場所は、なぜか王様たちのいる部屋だった。
驚く一同に黒いコートの人物、データ・リクが現れて事情を説明する。
メモがデータを保護するためにリクをバックアップとして選び、そしてメモ自体ともいえるデータ・リクは、メモの謎を解くために、王様たちを部屋ごとデータの世界に取りこんだのだった。
その時、データ世界と現実世界との道がマレフィセントとピートによって奪われてしまう。
彼らはデータ世界から現実世界へ闇を送りこもうとしていた。
マレフィセントとの戦いに勝利し、元凶であるソラのハートレスバグを倒すことで、ジミニーメモは完全に修復される。
メッセージは「ソラに連なる者たちの痛みの記憶」がソラの中にあることを伝えるものだった。
王様はこの出来事をソラに伝えるために手紙を書いた。
手紙にはこう記されていた。
ソラに連なる者の悲しみをいやせるのはソラだけだと。
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