美しい海に囲まれた、精霊が住まう諸島。
「巫女」と呼ばれる女性と、巫女を守る「従者」が組んで、代々、島を維持するために精霊を生き永らえさせてきた。
諸島のとある島は、巫女がおらず、滅びの日を待つ。
島を救おうと、少女を巫女にする為に尽力する青年。巫女として生まれ、巫女になれなかった、できそこないの少女。
ぬいぐるみ姿の自称精霊に導かれ、諸島の伝説を巡る彼らの航海が始まろうとしていた。