“キングダムハーツ”をめぐって闇の探求者アンセムと死闘をくり広げたソラたちは、戦いの末に離ればなれになった王様とリクを捜す旅を続けていた。旅の途中、3人は「忘却の城」と呼ばれる奇妙な城にたどり着く。城内を進むうちに、記憶を操る少女ナミネの力で、偽りの記憶をすりこまれ、本当の思い出を次々と忘れていってしまうソラ。一方そのころ、ソラに呼応したリクも忘却の城にたどり着き、城の地下深くから歩み出そうとしていた。