沈まない夕日に照らされた、たそがれの街トワイライトタウンで、残りわずかとなった夏休みを友だちと一緒に過ごす少年ロクサス。彼のささやかな幸せが終わりを告げたとき、キーブレードの勇者ソラは1年の眠りから目覚め、ドナルドやグーフィーとともにふたたび冒険をはじめる。
平和を乱すハートレスやノーバディ、そして“キングダムハーツ”を手にいれようとする謎の集団“XIII機関”の魔の手から世界を救い、今度こそ親友リクを連れて故郷の島へ帰るために……。