“人の心のキングダムハーツ”を完成させるべく暗躍する集団、「XIII機関」。その一員となったロクサスは、組織の命令にただ従うだけの日々を送りながら、教育係のアクセルや新メンバーのシオンと友情を深めるなかで、自分が何者なのか疑問を持ちはじめていく。やがて、ささいなすれちがいから親友3人の関係はくずれ、シオンとロクサスはそれぞれ大きな決断をくだすことになる。これは、少年たちが、ときに笑い、ときに苦悩した、358日間の物語ー。