二度にわたる冒険を通じて、“キングダムハーツ”を狙う者ー闇の探求者アンセムとXIII機関リーダーのゼムナスを倒したソラとリク。しかし、それはすべての元凶であるマスター・ゼアノートの復活を意味していた。ゼアノートたちの闇の勢力に対抗するには、マスター承認試験を受け、“眠りし心を解放する力”を身に付けなければならない。ソラとリクは意を決して試験に挑むべく、眠りの世界へと旅立つが、そんなふたりにゼアノートの魔の手が忍び寄る…。