
ソラが「キーブレード」を手にするより以前世界には光と闇の均衡を見守り、秩序を保たせるキーブレードの使い手「キーブレードマスター」が存在した。
その中の一人であるマスター・エラクゥスのもとでは、テラ、ヴェントゥス、アクアの3人がキーブレードマスターを目指して日々修行に励んでいた。
ある日、マスター・エラクゥスの古い友人イェン・シッドから、世界に起きている異変とマスター・ゼアノートの失踪の知らせが入る。
マスター・エラクゥスは、テラとキーブレードマスターになったばかりのアクアに異変について調査を命じる。まだ修行中の身であるヴェントゥスもまた、テラを追って外の世界へと飛び出してしまう。
それぞれの想いを胸に秘め、冒険の旅に出る3人。その先に大いなる災いが待ち受けているとも知らずに──。