
黄昏の街トワイライトタウンで、残り少ない夏休みを楽しむ少年ロクサス。彼の周りでは次々と不思議なことが起こり始めていた。
不気味な化け物と、黒いコートの男たちの出現。ロクサスがその意味を思い出した時、彼の短い夏休みは終わりを告げる──。
ロクサスと入れ替わるように目覚めたソラ、ドナルド、グーフィー。彼らは再び王様、そしてリクを捜す旅に出ることになる。
しかしその行く手をはばみ、執拗に襲いかかってくるXIII機関。はたしてソラはXIII機関のたくらみを打ち破り、大切な仲間と再会することができるのだろうか。
XIII機関との最後の戦いが今、幕をあける──。