強き心の持ち主だけが使える鍵型の武器、キーブレード。その使い手のなかでもとくにすぐれた存在「キーブレードマスター」となるべく、テラ、ヴェントゥス、アクアの３人の若者が、マスター・エラクゥスのもとで修行に励んでいた。
しかし、闇の魔物アンヴァースが世界をおびやかしはじめたのを機に、3人はそれぞれの思惑を抱いて外の世界へ旅立つ。その陰で、キーブレード戦争の再来をもくろむマスター・ゼアノートの陰謀が動きはじめていたとも知らずに……。