無数のワールドが夜空の星を形成する光の世界。その星々のひとつひとつが、心なきもの「ハートレス」によって闇に飲まれつつあった。そんな中、住んでいた世界を闇に消され、鍵型の武器「キーブレード」を手にした少年ソラは、ドナルドやグーフィーと一緒に、さまざまな世界を旅していく。キーブレードに選ばれし者として世界の“鍵穴”を閉じ、闇の侵攻を防ぐため、そして、離ればなれになった幼なじみのリクとカイリを捜すために…。