これまでの“キングダムハーツ”をめぐる戦いが、キーブレード戦争を引き起こそうと目論むマスター・ゼアノートの意のままに進んでいたことを知ったソラ達は、闇に対抗する、7人の光の守護者を揃えようとしていた。王様とリクは歴戦のキーブレード使いの居場所を探し始め、ソラ、ドナルド、グーフィーの3人は「目覚めの力」を取り戻すために、再び様々なディズニーのワールドを駆け巡っていくのだった。
そしてDLC「Re Mind」ではクライマックスに起きていたもう一つの物語が描かれる。